Il Sacro Monte di Varese è un luogo di grande valore storico-artistico nel territorio varesino, riconosciuto dall'UNESCO come Patrimonio Mondiale dell'Umanità nel luglio 2003. La sua Via Sacra, un percorso devozionale lungo circa 2 km, è costellata da 14 cappelle, ognuna dedicata a un Mistero del Rosario e perfettamente integrata nell'ambiente naturale circostante. Il punto culminante è il Santuario di Santa Maria del Monte, che ospita l'Incoronazione della Madonna come XV Mistero del Rosario, e la Cripta Romanica, accessibile tramite visita guidata.

È il più antico insediamento palafitticolo dell’Arco Alpino e dal 2011 è entrato a far parte dei "Siti palafitticoli preistorici dell'arco alpino" del Patrimonio mondiale dell'UNESCO. Sul piccolo isolotto è presente l'Oasi LIPU, luogo di transito di molte specie avicole, che richiama molti visitatori e offre diverse possibilità di fruizione e di conoscenza.

Il lago di Varese, situato ai piedi del massiccio del Campo dei Fiori, bagna il territorio del capoluogo e di altri otto Comuni della Provincia.