Villa Mirabello fu edificata nel XVIII secolo sulla sommità del colle omonimo, così chiamato per lo splendido panorama che da qui si apriva sul lago e sulla catena delle Alpi. Attualmente la Villa ospita i Musei Civici, originati dall'ottocentesco Museo patrio. Il complesso comprende il museo preistorico-archeologico, una sezione della pinacoteca civica, la collezione di lepidotteri, le sale dedicate al Risorgimento, alla Resistenza e alla storia contemporanea di Varese.

Dedicato a chi vuole leggere e conoscere la storia di Santa Maria del Monte attraverso la bellezza di sculture romaniche, miniature preziose, paliotti sforzeschi il Museo Baroffio è uno scrigno d’arte. Alla straordinaria collezione storico-artistica del Santuario si uniscono la raccolta di dipinti di Giuseppe Baroffio Dall’Aglio e una sezione d’arte sacra del Novecento.

La casa-atelier dell’artista eclettico del ‘900 è il primo punto d’interesse che si incontra dopo la quattordicesima cappella. Si tratta della villa che Pogliaghi progettò come laboratorio-museo: un luogo dove potersi ritirare per dedicarsi a studio e creatività, ma anche uno spazio per collezionare opere d’arte che lo ispiravano. Il percorso comprende sette sale tra cui il bellissimo atelier, che nasconde la miniatura di una delle sue maggiori opere e diverse finestre che si affacciano sulla natura circostante.