Varese è la provincia lombarda che vanta più siti UNESCO, ben 4 su 11: Sacro Monte, Monte San Giorgio, l'area archeologica di Castelseprio-Torba e l'Isolino Virginia.

Il complesso del Sacro Monte di Varese comprende la Via Sacra, percorso devozionale acciottolato in ascesa, caratterizzato da 14 Cappelle, tutte diverse tra loro e perfettamente inserite nell'ambiente naturale circostante, ciascuna dedicata ad un Mistero del Rosario rappresentato, all'interno, da gruppi scultorei ed affreschi illustrativi. Il punto culminante della Via Sacra è rappresentato dal Santuario di Santa Maria del Monte che ospita, sull'Altare Maggiore, il XV Mistero del Rosario: l'"Incoronazione della Madonna".
L'Isolino Virginia è un triangolo di terra situato a pochi metri dalla riva occidentale del Lago di Varese, nel territorio di Biandronno. La sua superficie  quasi interamente coperta da una lussureggiante vegetazione, che ospita numerosi animali selvatici; la flora è composta da salici, querce, ontani neri, ninfee, pungitopo e alcuni esemplari rari come il cipresso calvo delle paludi. L'intera area è sottoposta a vincolo poiché è uno dei siti più famosi della preistoria europea.